Kościół św. Ducha nazywany dziś także Kościołem Akademickim przylega do Rynku Staromiejskiego. Plany jego budowy powstały w wyniku następstw wydarzeń z 1724 roku zwanych tumultem toruńskim. Zamieszki między katolikami i protestantami spowodowały utratę swej świątyni przez protestantów. Zaczęto więc zbierać fundusze na budowę nowej świątyni. Ten barokowy kościół początkowo bez wieży wybudowano w XVIII wieku. Wieże dobudowano w wieku XIX. W 1945 roku kościół przejęli Jezuici. Pożar kościoła w 1989 roku stawił część cennych zbiorów a przede wszystkim XVIII wieczne organy.