W kolejnych wiekach Toruń jest trzykrotnie oblegany przez wojska szwedzkie. Po odparciu pierwszego oblężenia Szwedów w 1629 roku zaczyna się budowa fortyfikacji bastionowych, dzięki którym Toruń staje się potężną twierdzą o dużym znaczeniu strategicznym. W 1703 roku wojska szwedzkie przeprowadzają jednak dotkliwy atak na miasto. W wyniku bombardowania płonie znaczna część rynku, kościoły, ratusz. Na dodatek w 1708 roku w wyniku epidemii dżumy ludność Torunia zostaje zdziesiątkowana. Miasto na długo po tym nie może się podnieść do swej dawnej świetności.

16 lipca 1724 roku dochodzi do Tumultu Toruńskiego, gdzie w zamieszkach na tle religijnym uczestniczą miejscowi protestanci i katolicy. Sąd powołany przez króla Augusta II Mocnego skazuje na śmierć 11 protestanckich uczestników zajść. W śród nich jest burmistrz i wiceburmistrz miasta.

Pierwszy rozbiór Polski z roku 1772 pozostawia Toruń Polsce jednak pozbawia go ziem i osłabiła handel na Wiśle. Drugi rozbiór Polski z 1793 roku przyłącza Toruń do Królestwa Prus. Od 1807 roku Toruń znajduje się w Księstwie Warszawskim, którego to w 1809 roku staje się stolica na okres trzech tygodni.

W 1815 roku Toruń ponownie powraca do Prus. Staje się miastem nadgranicznym. Następuje powolny rozkwit miasta i jego intensywna przebudowa. Powstaje Twierdza Toruń - 22 kilometrowy pas forteczny skradający się z 15 fortów artyleryjskich i licznych schronów okalających miasto. Czyni to Toruń największą i najnowocześniejszą twierdzą w Europie.

Po pierwszej wojnie światowej w 1920 roku Toruń powraca do Polski i zostaje stolica województwa pomorskiego. To kolejne dobre lata dla rozkwitu Torunia. Powstaje wytwórnia filmowa i druga po Warszawie rozgłośnia radiowa. W 1933 roku następuje otwarcie mostu drogowego przez rzekę Wisłę. Rozwija się kultura i nauka. Są plany utworzenia uniwersytetu.

W czasie II wojny światowej, Toruń zostaje zajęty przez siły zbrojne Rzeszy Niemieckiej. Armia Radziecka przejmuje Toruń z rąk okupanta 1 lutego 1945 roku. Na szczęście miasto po za ludnością nie cierpi w wyniku działań wojennych.

Po wojnie w 1945 roku w Toruniu tworzy się Uniwersytet Mikołaja Kopernika. Władze wojewódzkie, urzędy, administracja, instytucje naukowe, kulturalne oraz rozgłośnia radiową zostają przeniesiona decyzją władz centralnych do Bydgoszczy. Toruń traci na znaczeniu do roku 1975. Jednak 1 czerwca 1975 roku Toruń staje się stolica województwa Toruńskiego, a po reformie administracyjnej od 1 stycznia 1999 roku w Toruniu mieści się siedziba Sejmiku i Urzędu Marszałkowskiego. Toruń tworzy współstolicę województwa Kujawsko-Pomorskiego.

Dzięki unikalnemu układowi przestrzennemu, wielu zachowanym zabytkom niemal w stanie zbliżonym do pierwotnego, dnia 4 grudnia 1997 roku Zespół Staromiejski Torunia zostaje wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Naturalnego UNESCO.